Арахнофобия может иметь эволюционные или культурные корни, но часто отвращение затрудняет понимание этого страха человеком.
Одна теория состоит в том, что в эволюционном прошлом нас окружали опасные и ядовитые пауки, и это благоприятствовало выработке рефлекса у наших предков, от которого они пробежали бы сотню метров, если что-то похожее на паука окажется рядом. Проблема этой теории заключается в том, что арахнофобия гораздо чаще встречается в Европе, чем в Африке или Южной Америке (родине ядовитых пауков).
Альтернативная гипотеза состоит в том, что пауки по ошибке стали ассоциироваться с болезнями в средние века – особенно во времена Черного мора (второй пандемии чумы). Это привело к культурному отвращению к паукам, которое с тех пор передавалось из поколения в поколение.